【农 业】研究揭示茶树叶色白化的遗传机制(2024-03-01)
【摘要】 3月1日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院茶叶研究所茶树种质资源创新团队研究揭示了茶树叶色变异的遗传机制,相关研究结果发表在《实验植物学(Journal of Experimental Botany)》上,并被选为封面文章。白化茶树是一类色素缺陷型突变体,我国科研人员自上世纪九十年代后期开始对茶树叶色白化的遗传规律和分子机制进行研究,但一直未能获得明确的结论。该研究历时十余年,构建了白化茶树品种“白鸡冠”的F1和BC1两代杂交群体,并采用图位克隆技术,发现镁离子螯合酶I亚基的一个错义突变是导致其叶色变异的根本原因。此外,研究团队还对BC1代群体进行分析,初步揭示了白化叶片高氨基酸积累的分子机制。该研究首次解析了茶树白化的遗传机制,为茶树白化新品种创制和选育提供了理论依据。该研究得到国家重点研发项目、浙江省农业新品种选育重大科技专项、中国农业科学院科技创新工程等项目支持。
【关键词】茶树叶色,白化,克隆技术
【农 业】研究揭示幼龄山羊瘤胃微生物耐药基因组变化特征(2024-02-06)
【摘要】 2月6日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院饲料研究所反刍动物营养与饲料创新团队揭示了幼龄山羊瘤胃微生物组及其抗生素耐药基因组变化规律,明确了日龄及日粮对耐药基因的影响机制,为通过营养策略控制耐药基因传播提供了新见解。相关研究成果发表在《微生物组(Microbiome)》上。反刍动物瘤胃微生物组可能是耐药基因的储存库,但其基本特征及影响因素仍不清楚。该研究利用宏基因组学分析了幼龄山羊瘤胃微生物组和耐药组图谱的基本特征。研究发现,山羊羔羊瘤胃微生物耐药基因组丰富度随年龄增长而降低;母乳可能是幼龄山羊瘤胃微生物耐药基因的重要来源,在随母哺乳期间发现了四种抗生素类型的耐药基因,主要载体为瘤胃大肠杆菌;在补充开食料后只观察到一种抗生素类型的耐药基因,与纤维降解相关的栖瘤胃普雷沃氏菌和产琥珀酸丝状杆菌成为抗生素耐药基因组的载体。该研究明确了生命早期阶段日龄和日粮影响瘤胃微生物耐药基因的机制,为通过早期营养干预来减少胃肠道耐药基因传播提供了一种可行的策略。
【关键词】幼龄山羊,胃微生物,耐药基因
【农 业】研究揭示氮钾肥施用对温室气体排放影响机制(2024-02-06)
【摘要】 2月6日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院农业资源与农业区划研究所土壤培肥与改良团队揭示优化钾肥和氮肥施用能够减少农业系统温室气体排放。相关研究成果发表在《全面环境科学(Science of The Total Environment)》上。钾素作为三大营养元素之一,在调控作物产量和品质方面具有重要作用,但是对温室气体排放方面的研究却鲜见报道。该研究对全球205项独立实验进行深入分析,研究表明,在施用氮肥基础上增施钾肥能显著改变土壤温室气体累积排放量,其中氧化亚氮和甲烷累积排放量分别增加39.5%和21.1%,而二氧化碳累积排放量降低8.1%。值得特别注意的是,田间实验中钾肥的施用减少了氧化亚氮排放,增加了二氧化碳排放,但在实验室条件下的培养实验中出现了相反的结果,在实验室控制条件下,钾肥对氧化亚氮的影响可能被高估,而对二氧化碳排放的影响被低估。研究揭示了氮钾肥投入比例是影响氧化亚氮排放量变化的关键因素,而钾肥类型则对甲烷和二氧化碳排放量起决定性作用。该研究对制定有效的肥料施用策略以及进一步优化温室气体减排模型提供理论依据和实践指导。
【关键词】氮钾肥,温室气体,排放量
【农 业】研究发现弱蓝光诱导叶片衰老的分子机制(2024-02-06)
【摘要】 2月6日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院作物科学研究所作物生物信息学及应用创新团队发现了弱蓝光遮荫信号诱导大豆叶片衰老的分子机制,创制了具有抗叶片衰老特性的耐荫突变体,为培育耐密高产大豆新品种提供了育种新材料。相关研究成果在线发表在《自然·通讯(Nature Communications)》上。叶片衰老受叶龄、植物激素等内源性因素和光照、温度、压力等外源性条件共同调节。遮荫、干旱、病虫害等不良环境均可能导致叶片早衰,严重影响作物光合效率和营养再分配,从而降低产量。因此,深入探究叶片衰老调控机制对优化作物生产性能具有重要意义。研究发现,远红光和弱蓝光通过不同途径调控大豆叶片衰老,而两者叠加会加速衰老进程。在弱蓝光诱导叶片衰老过程中,大豆中蓝光受体隐花色素发挥主要作用。进一步研究发现,弱蓝光通过上调 GmWRKY100 基因表达诱导叶片早衰。该研究以天隆一号为亲本,敲除了 GmWRKY100 基因,构建了具有抗叶片衰老特性的耐荫突变体株系。在北京地区的田间试验显示,突变体的底部叶片衰老明显延迟,显著提高了试验区大豆产量。该研究为开发适合密植栽培的高产大豆新品种提供了新基因资源和育种新材料。
【关键词】弱蓝光,叶片衰老,分子机制
【农 业】研究揭示斑马鱼肠-脑调节关键机制(2024-02-05)
【摘要】 2月5日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所农产品质量安全风险评估团队揭示了斑马鱼肠-脑调节的关键机制,为理解肠-脑轴提供了新视角,相关研究成果发表在《环境科学与技术(Environmental Science & Technology)》上。肠-脑轴是肠道和大脑之间的双向联系。内分泌系统对鱼类肠-脑轴具有重要调节作用,但相关机制仍不清楚,阐明该调节过程是找到神经和代谢系统异常等健康风险的重要突破口。该研究以双酚类内分泌干扰物为诱导因素,构建了基于斑马鱼的肠-脑轴紊乱模型,发现抑制肠内分泌细胞、促迷走神经凋亡和诱导肠道炎症是内分泌干扰物影响肠-脑轴的三个主要途径,并发掘了可用于该效应识别的多种生物标志物。该研究有助于建立斑马鱼肠-脑调节异常的早期识别方法和干预调控方式,为养殖环境中内分泌干扰物的风险识别和防控提供新的理论基础和技术思路。
【关键词】斑马鱼肠,脑调节,代谢系统
【农 业】土贝母苷可有效抑制新冠病毒和埃博拉病毒复制(2024-01-10)
【摘要】 1月10日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院哈尔滨兽医研究所重要人兽共患病与烈性外来病创新团队在新冠病毒和埃博拉病毒入侵细胞机制及其抗病毒药物发现取得重要进展,发现土贝母苷这一植物提取物,可有效抑制新冠病毒和泛丝状病毒复制,发挥抗病毒作用。相关研究成果发表在《自然·通讯(Nature Communications)》上。新冠病毒和埃博拉病毒均为严重威胁全球公共卫生安全的人兽共患病原,分属冠状病毒科和丝状病毒科成员。迄今已有抗冠状病毒和丝状病毒的药物推向应用,但主要作用于病毒感染的中后期阶段,而土贝母苷在病毒侵入细胞的膜融合阶段发挥阻断作用,在抗病毒早期发挥作用。研发靶向病毒复制周期不同阶段的抗病毒药物,可显著提高抗病毒效应,同时降低耐药突变导致药物脱靶的几率。科研团队历经2年研究发现,冠状病毒和丝状病毒均可利用细胞晚期内体中的尼曼匹克C1前体蛋白(NPC1)作为膜融合受体完成细胞入侵,而葫芦科植物土贝母的提取物土贝母苷可特异性的结合到该分子上,阻碍新冠病毒、丝状病毒囊膜糖蛋白与NPC1的膜融合发生,有效抑制新冠病毒和泛丝状病毒复制,进而阻断病毒的细胞入侵,发挥抗病毒作用。研究表明土贝母苷具有靶向新冠病毒和泛丝状病毒复制早期阶段抗病毒药物的开发潜力。
【关键词】土贝母苷,新冠病毒,埃博拉病毒
【农 业】研究揭示“中棉所12”丰产抗病的遗传基础(2024-01-09)
【摘要】 1月9日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院棉花研究所棉花功能基因组创新团队以棉花品种“中棉所12”及其系谱为研究对象,鉴定到“中棉所12”丰产抗病相关的功能性片段,揭示了“中棉所12”丰产抗病的遗传基础。相关研究成果发表在《基因组生物学(Genome Biology)》上。该研究组装了“中棉所12”的高质量参考基因组并对其20个系谱品种进行了重测序,构建了图形化的系谱基因组,鉴定到623个与丰产抗病相关的功能性片段。遗传模式分析发现,来源于“中棉所12”的优异片段具有较低的遗传稳定性,较难遗传给子代品种。进一步研究表明,在品种驱动型育种策略下,优异片段的低遗传稳定性、功能片段的地理不均衡分布、系谱中指纹片段的存在是制约骨干亲本育种潜力的遗传基础。研究结果为棉花育种工作从品种驱动型向基因驱动型转变提供了理论依据,对加快优异棉花骨干亲本的育种应用具有指导意义。该研究得到国家重点研发计划、三亚崖州湾科技城项目、国家自然科学基金等项目的资助。
【关键词】中棉所12,丰产抗病,遗传基础
【农 业】研究系统总结玉米响应密植遗传调控分子机制关键形态特征(2024-01-08)
【摘要】 1月8日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组创新团队与国内高校合作,系统总结了玉米响应密植遗传调控分子机制的研究进展,并提出了未来培育耐密理想株型玉米的一些策略。相关综述文发表在《植物学报英文版(Journal of Integrative Plant Biology)》。玉米是世界上重要的粮食、饲料和能源作物,其充足供应对于保障全球粮食安全至关重要。在现代玉米育种过程中,提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键措施。玉米密植后引起避荫反应,造成株高和穗位高增加、抗生物和非生物胁迫能力降低、植株抗倒性降低,并最终导致产量损失,因此培育耐密理想株型玉米是提高玉米耐密性的重要途径。该文章系统总结了玉米响应密植的遗传调控分子机制的5个关键形态特征,即:较低的株高和穗位高、紧凑的叶夹角、较少的雄穗分枝数、较早的开花期和发达的根系。文章还提出了未来培育耐密理想株型玉米的一些策略,包括深入开展玉米耐密遗传调控分子机制解析,挖掘自然群体优良等位基因变异,或通过基因编辑、蛋白智能设计等人工创造优良等位基因变异,进一步通过分子辅助育种、全基因组选择等现代生物育种技术,实现耐密性状与其它优良性状的协同改良。
【关键词】玉米响应,调控分子机制,玉米单产
【农 业】研究揭示猫感染弓形虫的非编码核糖核酸调控机制(2024-01-08)
【摘要】 1月8日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所兽药创新与耐药性创新团队揭示了弓形虫感染猫以后的非编码核糖核酸调控机制,相关研究成果发表在《贫困所致传染病(Infectious Diseases of Poverty)》上。弓形虫病是由弓形虫感染人和温血动物的寄生虫病,是一种世界性人畜共患病。弓形虫的中间宿主广泛,但终末宿主却具有唯一性,既猫科动物。作为人类最亲密伙伴之一的猫,普遍有感染弓形虫并加大人类感染弓形虫的风险。近年来,国际学界陆续发现非编码核糖核酸具有基因调控作用,然而弓形虫感染猫科动物的生物学特征和基因调控机制尚不明确。该研究首次揭示了猫小肠在弓形虫感染后环状核糖核酸、长链非编码核糖核酸和信使核糖核酸的表达谱,将有助于阐明非编码核糖核酸在弓形虫感染病理机制中的角色,在研发弓形虫感染新型干预策略上迈出关键一步,对保障人类和动物健康具有重要意义。
【关键词】猫感染,弓形虫,核糖核酸
【农 业】研究揭示不同盐离子积累影响畜禽养殖废水脱氮的微生物机制(2023-12-04)
【摘要】 12月4日,中国农业科学院讯,近日,农业农村部成都沼气科学研究所畜禽粪污能源化利用与污染控制团队揭示了不同盐离子积累影响硝化反硝化过程氮转化的微生物机制,为高氨氮-高盐度畜禽养殖废水的微生物处理提供理论依据和技术支撑,相关研究成果发表于《化学工程杂志(Chemical Engineering Journal)》。近年来,畜禽养殖废水生物处理过程和膜处理回流过程中的盐离子积累问题逐渐显露。目前,不同盐离子积累对氮转化过程和功能微生物的影响机制仍有许多未知。研究发现,钾离子胁迫和钠钾复合胁迫对同步硝化反硝化系统的氮去除和氮转化过程均无负面影响,钠离子胁迫显著提高了反硝化细菌(Ottowia)的相对丰度和narH基因的表达,从而通过强烈的硝酸盐还原作用造成严重的亚硝酸盐积累。
【关键词】盐离子,畜禽养殖,微生物机制
【农 业】研究发现杂原子在生物炭吸附过程中的互作机制(2023-12-01)
【摘要】 12月1日,中国农业科学院讯,近期,中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所种植废弃物清洁转化与高值利用团队揭示了改性秸秆生物炭在二氧化碳吸附过程中氮硫元素的竞争性行为。相关研究成果发表在《生物炭(Biochar)》上。以秸秆为原料制备的多孔生物炭材料应用于二氧化碳吸附,有利于促进秸秆的离田高值利用,对于实现我国“双碳”目标具有重要意义,但秸秆生物炭孔隙结构差,表面基团不丰富,难以保证其较好的二氧化碳吸附效果。该研究阐释了氮硫元素掺杂对生物炭理化特性及二氧化碳吸附性能的相互作用机制。研究表明,氮和硫元素的单独掺杂促进了生物炭对二氧化碳的吸附作用,吸附性能增长分别为11.9%和8.5%。然而,氮硫共掺杂没有表现明显的协同作用,这是由于氮硫元素存在竞争性行为,并且两种杂原子的功能性官能团在二氧化碳吸附过程中存在抑制作用。研究结果为深入理解杂原子掺杂改性机制,以及掺杂改性生物炭在二氧化碳吸附中的应用提供了理论基础。
【关键词】杂原子,生物炭,离田高值利用
【农 业】研究揭示土地覆被变化对局地温度的影响规律(2023-12-01)
【摘要】 12月1日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业遥感团队揭示了土地覆被变化对局地温度影响的纬度差异和不对称性特征。相关研究成果发表在《科学通报(英文版)》(Science Bulletin)上。土地覆被通过生物物理作用影响局地温度变化,是当前研究的热点问题。由于以往的温度数据空间分辨率较低,研究主要关注森林覆被变化的潜在影响,导致所有覆被变化对温度的真实影响仍未被有效探索。该研究通过团队自主研发的高分辨率温度数据完成了这一评估。研究结果表明,全球发生覆被变化的区域平均增温0.08 摄氏度,呈现出显著的纬度差异(-0.05~0.18摄氏度),占同期整体升温的比值最高可达44.6%。对比发现,耕地扩张是北半球中纬度地区夏季降温作用的主导因素,而森林变化是其他区域升温作用的主要原因。研究结果进一步揭示了增温的覆被变化比降温的覆被变化具有发生面积更大、作用能力更强的不对称性特征,为土地管理政策制定提供了新的理论依据。
【关键词】土地覆被,影响规律,温度数据
【农 业】研究揭示乙烯调控水稻胚芽鞘生长的新机制(2023-12-01)
【摘要】 12月1日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院生物技术研究所作物耐逆性调控与改良创新团队揭示了乙烯调控水稻胚芽鞘生长、促进幼苗出土的分子机制,相关研究成果发表在《植物通讯(Plant Communications)》上。水稻是重要的粮食作物,作为半水生作物,其生长需要长期对抗低氧环境。水稻的胚芽鞘能通过伸长使真叶尽快接触氧气和光,已有研究表明植物激素乙烯能够促进胚芽鞘的生长,然而目前关于乙烯促进胚芽鞘生长的分子机制研究还比较少。该研究发现,土壤覆盖会刺激胚芽鞘中乙烯的合成,乙烯增强了抗坏血酸(AsA)的合成和过氧化物酶的活性,减少了胚芽鞘中活性氧的积累,从而促进胚芽鞘的纵向生长并抑制胚芽鞘的横向扩张,形成细且长的胚芽鞘,减少幼苗出土过程中的阻力,使水稻幼苗更容易从土壤中萌发。该研究深化了乙烯和活性氧在控制胚芽鞘生长中作用机理的研究,为培育耐深播、立苗好的直播稻新品种提供了理论依据。
【关键词】乙烯,水稻胚芽鞘,土壤覆盖
【农 业】农业废弃物高效合成生物基糠醇新方法被创制(2023-11-09)
【摘要】 11月9日,中国农业信息网讯,近日,中国农业科学院油料作物研究所油料品质与加工利用创新团队利用固体酸和全细胞级联催化实现废弃玉米芯高效合成生物基糠醇,为农业废弃物资源高效转化为成高附加值产品提供了新途径。相关研究成果发表在《绿色化学(Green Chemistry)》上。糠醇具有抗氧化、抗炎、抗菌、抗病毒、延长食品货架期、改善口感等多种生物活性功能,在食品、医药、日化等领域用途广泛。与传统的高温高压化学合成相比,从丰富的生物质中制取生物基糠醇备受关注。对此,科研团队创制了新型固体酸催化剂,联用微波辅助水解玉米芯,可高效制备中间产物糠醛,解决了传统液体酸催化剂腐蚀性强、无法回收、废水排放等难题;同时利用基因重组方法,构建了含有还原酶和甲酸脱氢酶的重组大肠杆菌全细胞催化剂;联用磁性海藻酸钠水凝胶固定化技术,攻克了全细胞催化活性不高、稳定性差和难以循环使用等问题,实现了糠醛到糠醇的高效生物转化。上述技术通过化学和全细胞催化串联,创建了从农业废弃物-玉米芯高效合成糠醇的新方法,糠醇产率为0.54 克/克木聚糖,在食品、医药、日化等领域应用前景广阔。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家高层次人才特支计划及中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
【关键词】农业废弃物,生物基糠醇,高附加值产品
【农 业】研究解析棉铃虫抗菊酯类杀虫剂的分子机制(2023-11-09)
【摘要】 11月9日,中国农业信息网讯,近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业昆虫基因组学创新团队成功解析华北地区棉铃虫对菊酯类杀虫剂产生抗性的分子机制,发现了介导棉铃虫产生菊酯抗性的关键基因簇。相关研究成果发表在《通讯生物学(Communications Biology)》上。棉铃虫是危害我国棉花、玉米以及蔬菜等重要经济作物的主要害虫,由于化学杀虫剂的长期使用,华北地区棉铃虫对包括菊酯在内的多种农药都产生了较高水平的抗性,造成了较大的经济损失。研究发现,GST基因簇与菊酯农药抗性紧密连锁,在华北地区棉铃虫群体中受到强烈选择,并实现了快速扩散。研究敲除GST基因簇后,棉铃虫对菊酯农药的敏感性显著升高,证实了GST基因簇通过上调基因表达从而介导菊酯抗性的产生。该研究阐明了棉铃虫自然种群抗药性演化机制,为监测害虫抗性和综合治理提供了理论支撑。该研究得到国家自然科学基金、中国农业科学院科技创新工程和深圳市科技创新项目的支持。
【关键词】棉铃虫,抗菊酯类杀虫剂,分子机制
【农 业】研究揭示断奶前是瘤胃微生物调控犊牛增重的窗口期(2023-11-09)
【摘要】 11月9日,中国农业信息网讯,近日,中国农业科学院饲料研究所反刍动物营养与饲料创新团队发现断奶前是瘤胃微生物调控荷斯坦母犊日增重的重要窗口期,为进一步提高母犊培育的质量和增加长期泌乳潜能提供了新见解。相关研究成果发表在《动物科学与生物技术杂志(Journal of Animal Science and Biotechnology)》上。断奶前的平均日增重对于奶牛长期的生产性能有很大影响。研究人员通过筛选不同日增重的荷斯坦母犊,进而分析其瘤胃微生物、瘤胃发酵参数、血清指标和生长性能的差异及关联。结果表明,在断奶前,瘤胃产酸菌在高日增重犊牛的瘤胃中富集,产酸菌驱动瘤胃发酵产生更多丙酸,丙酸的富集会导致犊牛血清中葡萄糖浓度的上升,促进机体分泌较多的胰岛素加速葡萄糖的利用,为机体生长发育提供更多能量,进而提高了断奶前母犊的生长速度。但在断奶后,高日增重犊牛的瘤胃中不再有产酸菌的富集,不同日增重犊牛的瘤胃发酵参数和血清指标均没有差异,说明“产酸菌—丙酸—血糖—平均日增重”的调控链条在断奶后消失。研究表明,断奶前是瘤胃微生物调控荷斯坦母犊日增重的重要窗口期。该研究得到国家重点研发计划、中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
【关键词】瘤胃微生物,犊牛增重,荷斯坦母犊
【农 业】研究揭示核孔蛋白调控植物开花时间新机制(2023-11-08)
【摘要】 11月8日,中国农业信息网讯,近日,中国农业科学院作物科学研究所作物基因组选择育种创新团队与国内科研单位合作研究,解析了核孔蛋白Nup107-160亚复合物参与植物开花调控的详细机制。该研究进一步完善了植物开花调控网络,并为作物花期调控提供了潜在靶基因。相关研究成果发表在《植物细胞(The Plant Cell)》上。传统的观点认为核孔蛋白主要作为结构蛋白镶嵌在核膜上,参与核质间大分子物质的运输过程。近年来,越来越多的证据表明,动物和酵母的核孔蛋白在基因表达调控、基因组稳定性和核蛋白稳定性方面发挥着重要作用,但植物核孔蛋白在这些方面的调控机制尚不清楚。该团队在研究拟南芥核孔蛋白的功能过程中,发现核孔蛋白Nup107-160亚复合物成员的突变体表现出不同程度的早花表型。进一步研究发现该亚复合物成员之间相互稳定以维持完整的结构,并将FLC染色质固定在核膜孔附近,通过调控染色质组蛋白修饰的方式改变FLC基因的转录水平。该研究揭示了核孔蛋白调控植物开花时间的新机制,为作物遗传育种中开花期性状的改良提供了新的理论依据。
【关键词】核孔蛋白,植物开花,核蛋白稳定性
【农 业】研究揭示根结线虫寄生新机制(2023-10-08)
【摘要】 10月8日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜病害防控团队研究揭示南方根结线虫分泌的效应蛋白与植物转录因子互作帮助线虫寄生的分子机制。相关研究成果发表在《植物通讯(Plant Communications)》上。线虫已经成为农作物的第二大类病害,每年在全球造成1570亿美元损失,可使蔬菜减产30%以上。该研究围绕南方根结线虫Mi2G02效应蛋白与植物GT-3a转录因子互作调控根长和线虫取食细胞发育这一生物学现象,解析了病原物效应蛋白抑制植物蛋白酶体介导的蛋白降解功能,干扰转录因子对靶标基因表达的调控作用,从而帮助线虫寄生的分子机制。研究结果为揭示根结线虫与宿主建立寄生关系的分子机制提供理论依据,为防控根结线虫病害提供分子靶标。该研究获得中国农业科学院青年创新专项、国家自然科学基金、北京市自然科学基金、中国农业科学院科技创新工程和国家大宗蔬菜产业技术体系等项目的支持。
【关键词】根结线虫,蔬菜减产,效应蛋白
【农 业】新型转录组定量方法可准确定量序列高度相似的转录本的表达水平(2023-10-08)
【摘要】 10月8日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业宏基因组学创新团队联合国内科研单位开创性地提出了一种快速且全局最优的转录组定量解决方案TQSLE。该方法可准确定量序列高度相似的转录本的表达水平。相关研究成果发表在《生物信息学简报(Briefings in Bioinformatics)》上。由于存在着序列极其相似的不同参考转录本,一部分转录组测序读段存在映射不确定性,从而无法通过映射读段的计数来估计转录本表达量。为解决这一问题,研究人员开发了一种非基于最大期望算法且非序列比对的方法TQSLE,为估计转录本和基因表达定量提供了一个全局最优的解决方案。在模拟及真实的转录组测序数据集上进行了一系列测试,结果表明,该技术相比基于最大期望算法的非序列比对的转录组定量方法更为准确。
【关键词】最大期望算法,基因表达,测序数据
【农 业】研究提出农田土壤碳库固碳增汇稳产灌溉施肥新模式(2023-10-08)
【摘要】 10月8日,中国农业科学院讯,近日,中国农业科学院农田灌溉研究所作物需水过程与调控团队监测华北平原农田土壤碳库变化相关因素发现,土壤水分和水氮协同作用是其变化的主导因素,且80%常规灌溉量、50%~67%常规施氮量的灌溉施肥模式既能节水减氮又能实现稳产,同时有助于氮沉积和农田土壤固碳作用。保护土壤碳库稳定性、减少土壤碳排放是缓解气候变化的重要举措。已有研究表明农田土壤碳库与施氮量、灌溉水量、水氮协同作用等因素存在显著相关性,但相对重要程度并不明了。科研团队通过8年长期定位研究系统对比3种灌溉水平和6种氮肥施用量对小麦农田土壤碳库的影响,通过多元分析土壤碳库关联的多种因素发现,土壤水分对土壤碳储量具有负效应,对其变化贡献率达到42.43%,水-氮协同作用、土壤碳氮比对土壤碳储量具有正效应,对其变化贡献率分别达到39.34%和11.24%。研究结果表明过量灌溉不利于土壤碳储量增加,进一步对比研究发现,灌水定额36毫米、施氮量180千克至240千克每公顷,可节约20%灌溉量和33%~50%施氮量,既能维持作物稳产又促进根系增殖,能多贡献3.95%至10.95%的土壤碳储量。研究对华北平原优化灌溉、施肥管理和固碳减排决策具有重要意义。
【关键词】土壤碳库,灌溉,施肥